Perkumpulan Pamong Jiwa Indonesia digerakkan melalui struktur kepengurusan yang terorganisir dengan cermat. Kepengurusan utama dijalankan oleh Komite Partai Kerja yang merupakan badan pengarah dan pemegang kendali utama asosiasi.
Dalam struktur ini, terdapat posisi penting yang meliputi Presiden, bertanggung jawab atas arahan dan pengambilan keputusan; Sekretaris, mengurus administrasi dan koordinasi; serta Bendahara, mengelola keuangan dan aspek turunannya.
Sementara itu, terdapat beberapa komite yang bertanggung jawab atas bidang spesifik, seperti
- Komite Pelatihan
- Komite Layanan Profesional
- Komite Arsip dan Publikasi
- Komite Hubungan Masyarakat
- Komite Etika dan Keprofesian
- Komite Keanggotaan
- Komite Tradisi dan Inovasi.
Periode kepemimpinan berlangsung selama 5 tahun dengan proses pemilihan yang dilakukan oleh anggota asosiasi. Pemilihan komite dilakukan oleh Presiden, Sekretaris, dan Bendahara terpilih untuk memastikan representasi yang seimbang dan kepemimpinan yang efektif dalam melaksanakan tujuan organisasi. Struktur kepengurusan ini menjadi landasan yang kokoh dalam menjalankan berbagai kegiatan dan inisiatif untuk memajukan pemikiran serta praktik psikoanalisis di Indonesia.